Dalam pengelolaan tugas, wewenang, tanggungjawab dan fungsi Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Lombok Timur, maka telah tersusun sebuah struktur organisasi sebagai cerminan adanya tugas, wewenang, tanggungjawab dan fungsi yang diemban. Sehubungan dengan itu maka struktur organisasi Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Lombok Timur mengacu kepada Peraturan Bupati Lombok Timur Nomor 32 Tahun 2008 tentang Rincian Tugas Pokok dan Fungsi Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Lombok Timur.

Struktur Organisasi Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Lombok Timur terdiri atas 1 (satu) orang Kepala Dinas, 1 (satu) orang Sekretaris Dinas dan 4 (empat) orang Kepala Bidang dengan personil untuk masing-masing jabatan sebagai berikut :

Masing-masing Bidang / Sekretaris terdiri atas 3 ( tiga ) Seksi/Subbagian dengan antara lain  :

1. Sekretaris :
   1. Subbagian Program dan Pelaporan
   2. Subbagian Keuangan
   3. Subbag Umum dan Kepegawaian.
2. Bidang Tanaman Pangan dan Hortikultura :
   1. Seksi Produksi Tanaman Pangan
   2. Seksi Produksi Hortikultura
   3. Seksi Produksi Benih.
3. Bidang Perlintan dan Pengolahan Hasil :
   1. Seksi Perlindungan Tanaman
   2. Seksi Prasarana dan Alat Mesin Pertanian (Alsintan).
   3. Seksi Pengembangan Usaha Pertanian
4. Bidang Peternakan :
   1. Seksi Produksi Peternakan
   2. Seksi Produksi Pakan dan Pengembangan Teknologi Peternakan
   3. Seksi Pengembangan Usaha Peternakan
5. Bidang Kesehatan Hewan dan Masyarakat Veteriner :
   1. Seksi Kesehatan Masyarakat Veterner
   2. Seksi Pelayanan Kesehatan Hewan
   3. Seksi Pencegahan dan Pemberantasan Penyakit Hewan

Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD)

Unit Pelaksana Teknis Dinas Pertanian dan Peternakan Kabupaten Lombok Timur sesuai Peraturan Bupati Lombok Timur Nomor 15 Tahun 2008 terdiri atas :

1. Kepala Balai Pertanian dan Peternakan
2. Sub Bagian Tata Usaha
3. Kelompok Jabatan Fungsional